2025年、これまでの実績が評価され、全国の主要都市である札幌・仙台・名古屋・大阪・福岡に新たなMERが誕生していた。一方、沖縄・鹿児島では離島地域に対応できるMERの誘致活動が活発化。オペ室を搭載した特殊車両＝NK1を乗せたフェリーで、南の海の島々を巡る“南海MER”の試験運用が開始された。TOKYO MERチーフドクターの喜多見、看護師の夏梅は指導スタッフとして南海MERに赴任し、医療が行き届かない離島医療に従事していた。そんなある日、鹿児島県・諏訪之瀬島で突如として大規模な噴火が発生— 溶岩が村を焼き尽くし、飛び交う巨大な噴石が道路や建物を破壊する。噴煙のため、ヘリコプターによる上空からの救助は不可能。
そして海上自衛隊や海上保安庁の到着には、なお数十分を要する……。絶望的な状況の中、島に取り残された79名の全員の命を救うため、南海MERは決死のミッションに挑んでいく。
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